Üldpõhimõtted
Võrguentsüklopeedia Estonica on suletud võrgukeskkond. See tähendab, et kasutaja saab küll liikuda Estonica erinevate alajaotuste ja artiklite vahel, kuid entsüklopeediast välja viivaid linke peaaegu ei ole. Sääraselt kindlustatakse pakutava informatsiooni usaldusväärsus ja ühtlane tase.

Estonica on mitmekeelne võrgukeskkond. Kasutajal on võimalus valida avalehelt keel, milles ta soovib Eesti kohta lugeda. Hetkel on kõik Estonicas sisalduvad artiklid kättesaadavad eesti ja inglise keeles.

Artiklid on paigutatud hierarhiliselt vastavalt nende ülevaatlikkusele või üksikasjalikkusele. Kui kasutaja valib ühe kaheksast peateemast avalehel, pakutakse talle lugeda teemat sissejuhatavat artiklit. Selle ülevaate juurest on võimalik edasi liikuda põhiartikliteni, mis sisaldavad valitud teema kohta juba täpsemat teavet. Kolmanda tekstitaseme moodustavad põhiartiklite juurde lingitud lisatekstid, milledes erinevad autorid tutvustavad spetsiifilisemaid Eestiga seotud valdkondi.

Navigeerimine avalehel
Estonica avalehel on kasutajal võimalik :

Navigeerimine põhiaknas
Kõik sissejuhatavad tekstid ja põhiartiklid esitatakse ühtse kujundusega põhiaknas, milles sisalduvad ka mitmekesised võimalused navigeerimiseks eri artiklite ja teemade vahel. Lisatekstid avatakse eraldi aknas, mille kujundus on üldjoontes samasugune kui põhiaknal.

Estonica rohked illustratsioonid on esitatud ikoonidena põhitekstist paremal. Kui neile klikkida, avanevad fotod ja skeemid koos selgitava tekstiga eraldi aknas. Ka viited Estonica helinäidetele asuvad põhitekstist paremal. Kõik helisalvestised on paralleelselt nii MP3 kui RealAudio formaadis.

Otsingumootor
Otsingumootorit kasutama pääseb nii Estonica avalehelt, kui teemalehe abinuppude kaudu. Otsingumootori abil on kasutajal võimalik otsida märksõnale või märksõnade kombinatsioonile vastavaid tekstilõike kõigi Estonicas sisalduvate artiklite hulgast.