​Peipsi järve äärsed luited on kujunenud järvesetete kuhjumise tulemusena jääajajärgsel ajal. Peipsi järv tekkis mandrijää taandumisel järvenõo lõunaosast põhja suunas. Mõnda aega oli Peipsi ühenduses ka Balti jääpaisjärvega, nüüdse kuju omandas Peipsi u. 5000–7000 aastat tagasi.